“想起来，有翅膀的时候的事。”回应1万2千年前的想法，连接了的是欠缺的心。太阳、月亮和火星相遇的时候，新的合体的调查流动——！漂浮在湘南海上的小岛，江之岛。在那美丽而悠闲的海滨，有“私立江之岛学园”。学园里聚集了来自全国的优秀孩子实施了使用最新机器的英才教育。被选为特殊强化班的学生“要素”的足球、莉米亚、托西被命令操纵以感情的力量移动的战斗机“矢量机器”不得不与神秘的侵略兵器“神话兽”战斗。在战斗中，在不可思议的迷宫的引导下，萨科喊着——。“想星合体！GO，Aquarion！”在反复轮回的尽头，出现了机械天翅阿克拉里昂。背负着宿命的少年少女在得体的团体“宇宙蛋会”和大人们的想法交错中与这个宇宙的真实相对……。这是赌上自己的感情和宇宙的存亡而编织的，宏大的爱的神话。